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OpenTG-GATEs
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このDBについて

TGP(Toxicogenomics Project,トキシコゲノミクスプロジェクト)は,独立行政法人医薬基盤研究所,国立医薬品食品衛生研究所および製薬企業(15社)が参画した官民共同プロジェクトであり,平成14年度から平成18年度までの5年間をかけて,150の化合物(医薬品等)をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現情報および毒性情報を取得し,大規模かつ良質なトキシコゲノミクスデータベースを構築しました.さらに当データベースに解析および毒性予測システムの機能を付加したTG-GATEs(Toxicogenomics Project-Genomics Assisted Toxicity Evaluation system)の開発も達成しています.

TGP2(Toxicogenomics Informatics Project,トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト)は,独立行政法人医薬基盤研究所,国立医薬品食品衛生研究所および企業13社が参画したTGPの後継プロジェクトであり,平成19年度から平成23年度までの5年間をかけ,TG-GATEsを活用して30種以上の安全性バイオマーカーの開発を達成しました.バイオマーカーの検証あるいは機序解析等を目的にTGP2で取得された追加データもTG-GATEsに収載されています.

Open TG-GATEsは,TGPおよびTGP2の研究成果を幅広い研究者に活用して頂くために開発した一般公開用のトキシコゲノミクスデータベースであり,TG-GATEsに格納されているデータの中から170化合物に係るデータを公開しています.データの絞り込みにおいては,化合物名を起点とした検索と臓器別病理所見を起点とした検索を行うことが出来ます.また病理所見等のフェノタイプデータに紐付けされた遺伝子発現データをCEL(*)ファイルとしてダウンロードすることが可能です.

Open TG-GATEsは,以下の厚生労働科学研究費補助金およびプロジェクト参加企業からの共同研究費による研究成果の一部を公開したものです.
  1. 研究課題名:トキシコゲノミクス手法を用いた医薬品安全性評価予測システムの構築とその基盤に関する研究
    (課題番号(ID):H14-トキシコ-指定-001)
  2. 研究課題名:トキシコゲノミクスデータベースを活用した毒性メカニズムに基づく医薬品安全性評価に関する研究
    (課題番号(ID):H19-トキシコ-指定-001)
データベース公開にあたり,プロジェクトに参加した多数の研究員・技術員およびIT関係者の皆様に感謝致します.
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト


(*)CELは,Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ(生データ)を表現する一つのファイル形式です.